2013年2月に全世界は消滅し東京だけが奇跡的に生き残った。
都内に住む人々はそう教えられ疑わずに暮らしていた。
2015年7月4日の朝、東京の高校生神名綾人（かみな あやと）は地下鉄で模試会場へ向かう途中、脱線事故に遭う。
地上に出ると防衛軍と謎の戦闘機部隊（実は東京外部から飛来した地球連合軍）とが激しい戦闘を始めていた。
綾人が避難先を探していると、同級生の美嶋玲香（みしま れいか）が現れる。
一方東京の政府（MU東京総督府）のエージェントと外部から潜入した女性工作員紫東遥（しとう はるか）は、それぞれ綾人の身柄を確保しようと迫る。
綾人は辛うじて両者から逃げきり、玲香の後を追って東京湾地下の世音神殿（ぜふぉんしんでん）にたどり着く。
綾人は神殿の巨大な卵型の神体を見たとたん苦しみはじめ倒れてしまう。
玲香は歌い始める。
綾人は誰かの「目覚めて」という声を聞く。
朦朧とした意識の中で綾人がその名とつぶやくと卵は割れ、中から有翼の神像ラーゼフォンが立ち上がった。