早くに母を亡くした主人公の少女・ナナミは、海洋生物学者の父・スコットと相棒のアル（アルフォンゾ）とともにティコというシャチを連れて海洋調査船「ペペロンチーノ号」で暮らしながら世界中を旅している。
目的は伝説の生き物「ヒカリクジラ」を探すことだが、なかなか手掛かりすら見つからない。
冒険好きのお嬢様女子大生・シェリルと彼女の執事のジェームズ、そしてスコットの大学時代の先輩の息子・トーマスを仲間に加え、ヒカリクジラを捜し求めて世界中の海へ冒険の旅に出る。