時はまさに世紀末の1999年。
長野市松代の皆神山頂にある私立ヴァルトシュタイン学院では、学長や生徒が日夜オカルト研究に明け暮れており、敷地内では怪奇現象もしばしば起こるため、周辺の人々は「オカルト学院」と呼んでいた。
同年7月某日。
学院学長の神代純一郎が急死する。
学院葬の最中、現れたのは神代マヤ。
学長の娘であるが、大のオカルト嫌いである彼女は父の死を機に、学院を廃校へ導くための画策を始めた。
その同日、マヤは学院の上空から全裸で降臨してきた内田文明と出会う。
文明は、宇宙人の侵略を受けて滅亡に瀕した2012年の世界から歴史を変えるため、学院へタイムスリップしてきた超能力者であることをマヤに告げる。