大崩壊から10年が経ち、復興のシンボルとして作られた巨大学園都市「アカデミア」。
そこで学園生活をエンジョイしながらも、どこかなじめない少女「白鳥空」の前に、彼女が夢の中で見た王子様と瓜二つの少年「綾小路京四郎」が現れる。
空は、「絶対天使」と呼ばれる人造生命体を巡って人知れず戦いを繰り広げる京四郎と親しくなっていくが、京四郎のパートナーであるせつなとの間の三角関係や、自分自身もまた人間ではなく絶対天使であったという真相に苦悩を深めていく。
苦悩の末、空と京四郎は互いの気持ちを確かなものにしようとするが、空が夢に見た「王子様」の正体であり、京四郎が心の拠り所としてきた兄のカズヤ（綾小路一夜）が、事態を仕組んだ元凶として立ちはだかる。
カズヤの計画を阻止し捕われた空を奪還するため、京四郎はかつての敵とも共闘してカズヤに立ち向かうが、二度目の大崩壊を防ぐためには空の犠牲が必要だった。