海上都市で中心的な役割を担う海洋庁の入庁試験に失敗した天涯孤独の主人公・水樹マイアは、合格後の入寮を見通してそれまで住んでいた家も引き払っていたため、途方に暮れて街を彷徨っていた。
そんな折、マイアは逃走中の犯罪者に人質とされてしまい、それを追っていた何でも屋・ネレイス社の本城レナに犯人ごとショックガンで撃たれてしまう。
ネレイス社の事務所で正気に返ったマイアは、今度は犯人の仲間をおびき寄せるための餌としてレナに使われてしまい、このことから結局そのままネレイス社カムチャッカ支店の住み込み社員として働くことになる。
この支店にはレナの他にも変わり者の女性社員が多く、マイアは彼女たちに振り回される生活を送ることとなった。
しかし、物語が進むうちにマイアの正体が100年前に壊滅した海底都市エルピダの唯一の生き残りにして生き証人であることが、明らかになっていく。
コールドスリープによって生き延びるが、その副作用のためにそれまでの記憶を失っていたマイアはコールドスリープから目覚めた後、祖父（実は兄）の水樹翔と海洋庁のケビン・ウェイとクレア光永によって、「両親と一緒に自動車事故に巻き込まれて両親は亡くなり、自分は事故から1年間昏睡状態だった」と偽の情報を教え込まされていた。