かつて人類と堕天翅（だてんし）族との間で争われた大戦。
“殺戮の天翅”として人類から恐れられていたアポロニアスは人間の戦士・セリアンとの恋に墜ち、堕天翅族を裏切り人類の側についた。
囚われの身となったアポロニアスはかつて婚約者だった頭翅の目の前で自ら翅を引き千切り、彼を救出するため侵入していたセリアンを庇った。
大戦が神話となってから1万2千年後、地球環境の大変動により復活した堕天翅は再び人類の敵として立ち塞がった。
堕天翅たちは荒廃したアトランディアの復興に必要なプラーナ収集のため、収穫獣により人類を拉致していた。
地球が荒廃する中、エレメント能力という特殊能力を持った子供たちが次々に誕生する。
人類は堕天翅と再び戦うため、「創聖の書」に記された伝説の機械天使「アクエリオン」を発掘する。