ガニメデ星の支配者 ヘドロン皇帝の指揮する「コンギスター軍団」は地球に侵攻、95%を占領。
地球の主要エネルギー源である原子力を封じるために、原子炉を破壊する「オメガミサイル」を装備した監視ミサイル衛星を衛星軌道上に配置した。
コンギスター軍団の占領から唯一逃れた日本で、敷島博士は地球を取り戻すために、空母「キング・ダイヤモンド」と戦闘ロボット「メカンダーロボ」を建造し、コンギスター軍団に立ち向かう。