羽柴空は外見は二枚目だが性格は三枚目、考えるより先に身体が動く直情的な少年。
ある日学校の校舎から転落事故を起こして入院する。
しばらくして退院すると、そこには空と寮の同室となる藤守直と言う少年が転校してきた。
空と直は幼馴染みではあるが、空は直のことを全く覚えていなかった。
気まずい雰囲気で直との寮生活を始める空だったが、空と直には幼い頃に暗い過去があり、空に直の記憶が無いのはどうやらそれに関係しているらしい。
空は直や、本城祭、七海達と一緒に自分の過去や謎を解いていく。