西暦2167年、地球はみずへび座ベータ星の超新星爆発によって引き起こされた強力な電磁パルスと放射線（ガンマ線バースト的現象・オルドビス紀末の大量絶滅参照）によって壊滅的な打撃を受けた。
だが、人類はそこから見違えるほどの復興を遂げた。
そして、かつての災厄より189年後に訪れるとわかっていた第2の災厄、すなわち超新星よりの衝撃波の到来に対し、全人類を挙げての防御体制を築き上げていったのである。
そして2356年。
遂に衝撃波セカンドウェーブが太陽系に到達しようとしていたその年、人類の生活圏を守る大計画グレート・ミッションのために作られたファウンデーション（宇宙ステーション）の1つ「ステルヴィア」内の宇宙学園に主人公たちが入学するところから本作は始まる。
ファウンデーションは人類を防御するために作られた施設であると同時に、オーバビスマシン（宇宙機）のパイロットやファウンデーション自身を運用するための人材を育成する教育機関でもある。
この設定により、本作は「大災害に立ち向かうドラマ」であるとともに「悩み、成長する少年少女の学園ドラマ」となっている。