物語はソウルと呼ばれる恒星の第1惑星、S-1星から始まる。
かつては高度な文明を誇っていたが、いつの頃からか地表は放射能に汚染され、地下都市でしか生活のできない星と化していた。
さらに放射能汚染と物資不足は年を追うほど深刻な状況となっており、地下都市の人民の生活すら存続が危うくなっていた。
S-1星首脳部では2つのグループの意見が対立していた。
一つは、科学力による放射能の浄化を第一とする科学者グループ、もう一つは軍事力によって居住可能な惑星を侵略し、その星への移住を主張する軍部である。
だが、軍部を掌握する皇帝親衛隊のガットラーは、皇帝を暗殺し最高権力者、総統を名乗り、亜空間要塞「アルゴル」で侵略目標の惑星へと旅立つ。
親衛隊によって科学者の父を殺され、皇帝殺しの濡れ衣を着せられたマリン・レイガンは、亜空間戦闘機パルサバーンでアルゴルに戦いを挑むが、アルゴルの亜空間突入に巻き込まれてしまう。