遥かな昔、謎の異星人「降臨者」が地球に残した3つの「ユニット」と呼ばれる物体。
高校生の深町晶は偶然その1つを手に入れ、殖装体「ガイバー」となってしまい、降臨者の遺したデータを悪用し世界征服を目論む秘密結社「クロノス」に追われることとなる。