動物達が忍者として暮らす山々の一つ・念雅山にある日、じいやさんがペンギンを連れてきた。
「まん丸」と名づけられた天然ボケなペンギンは、頭領のネンガ、先輩のタヌ太郎・ツネ次郎など、お山の変な仲間たちと修行に励む毎日を送ることになるが、念雅に代々伝わる天容の笛がネンガの弟ギオが率いる羅門衆の手により奪われてしまった。
それを取り返すべく、まん丸とタヌ太郎とツネ次郎がギオを探しに旅に出る。