2008年、核兵器以上の威力を持つ「超磁力兵器」が用いられた最終戦争が勃発。
五大陸は変形し地軸も曲がり、多くの都市が海中に没した。
戦争から20年後、「のこされ島」と呼ばれる小さな島に墜落した宇宙船（ロケット小屋）で、コナン少年は「おじい」と二人で平穏に暮らしていた。
ある日、海岸に少女ラナが漂着する。
彼女はハイハーバーという島で暮らしていたが、科学都市インダストリアの者たちにさらわれ、隙を見て逃げ出したのだった。
ラナを追って残され島にやってきた戦闘員達によって、ラナは再び連れ去られ、おじいは死んでしまう。
コナンはおじいを埋葬し、ラナを救うため島から旅立つ。