人間社会に紛れ込み、人を喰らう正体不明の怪人「喰種」が蔓延する東京。
上井大学に通う青年カネキは喰種・リゼに襲われ瀕死となるが、直後起こった鉄骨の落下により捕食を免れる。
しかしその後、彼女の臓器を移植されたことで、半喰種となってしまう。
それ以来、カネキは苦悩と恐怖に満ちた日々を送ることになる。