上流階級家庭の子供ばかりが集まる桜蘭高校特待生1年の藤岡ハルヒは、勉強ができる静かな場所を求めて第三音楽室に辿り着く。
しかしそこは「暇をもて余す美少年が、同じく暇をもて余す女生徒をもてなし潤す」ホスト部(クラブ)なる集団が営業していた。
不注意から、校内オークションに出展予定だった「ルネ」の花瓶を割ってしまったハルヒは、弁償金800万円の返済のため「ホスト部の犬（雑用係）」となるが、眼鏡を外した素顔が美形だったことから接客係に格上げとなる。
そして借金帳消しの条件として、100人（後に1000人追加）の指名客を集めるノルマを課せられ、ホスト部員としての第一歩を踏み出す。
しかし大きな問題が…ハルヒは「女の子」だったのである。
かくしてホスト部隠れ紅一点のハルヒと、それを知った部員達との関係と思惑は、様々な出来事を経て次第に変化していくのだった。