舞台は西暦2087年。
月に誕生した軍事政権による統一国家「ギガノス帝国」が地球の統一連合「地球連合」に対して一方的に独立を宣言し、宣戦を布告。
戦火はスペースコロニーと地球本土に拡大し、月面のマスドライバーやメタルアーマー (MA) などの兵器によって、地上の7割はギガノスに占拠されていた。
そんな中、スペースコロニー「アルカード」の住人である主人公・ケーン・ワカバ、タップ・オセアノ、ライト・ニューマンの3人は、コロニー内で敵・ギガノス帝国軍に追尾される最中のなりゆきで新開発メタルアーマー「D兵器」（ドラグナー）に乗り込んでしまい、正規パイロットとして制御コンピュータに生体認証され、そのまま操縦して敵追撃部隊を撃破する。
これにより連合軍のパイロット候補者が台無しになり交代も不可能となったことで、彼らは連合軍に徴用され、ギガノス帝国軍と戦いながら地球上の連合軍本部を目指すことになる。