舞台は世界有数のハイテク未来都市「TOKYOシティ」。
近未来の世界はこれまでにない殺人、テロ、電脳犯罪など警察の想定範囲内の限界を超えていた。
警視庁の醍醐正尚は以前から温めて来た構想「メタルプロジェクト」に相応しい人材を探し続けていた。
ある日、世界的財閥である「財前コンツェルン」のパーティーに犯罪組織「イド」の怪ロボット・クライムモビルの軍団が現れ財閥の御曹司、財前純を襲う。
彼を救うために重傷を負った警視庁刑事の「神崎ケン」、F1レーサー「アグリ亮」、プロレスラー「豪田剛」の行動に感服した醍醐は瀕死の3人の勇気に報いるため、その体をサイボーグとして蘇生、「機甲警察メタルジャック」の新たなボディと任務を与えた。
あらゆる犯罪に敢然と立ち向かうメタルジャック。
しかし、その影には常にイドが絡んでいた…。