何事にも積極的に関わろうとしない「省エネ主義」を信条とする神山高校1年生の折木奉太郎は、姉・供恵からの勧めで古典部に入部する。
しかし、古典部には同じ1年生の千反田えるも「一身上の都合」で入部していた。
彼女の強烈な好奇心を発端として、奉太郎は日常の中に潜む様々な謎を解き明かしていく。
やがて奉太郎とは腐れ縁の福部里志と伊原摩耶花も古典部の一員となり、活動目的が不明なまま古典部は復活する。
ある日、奉太郎はえるから助けを求められる。
それは、彼女が元古典部部長の伯父から幼少期に聞かされた、古典部に関わる話を思い出したいというものだった。
古典部の文集「氷菓」がその手掛かりだと知った奉太郎は、仲間たちと共に、「氷菓」に秘められた33年前の真実に挑むことになる。