御崎市で平凡な日常を過ごしていた高校生の坂井悠二は、怪物の出現と共に非日常の世界に巻き込まれ、名も無き少女と出逢った。
その名も無き少女は、人知れず人を喰らう異世界人“紅世の徒”を探し討滅するフレイムヘイズの1人。
彼女は、悠二が自覚のないまま死んでいることを告げ、訳あって“紅世の徒”から狙われるようになった悠二を護る様になる。
そんな彼女に悠二は「シャナ」と名付ける。
2人は当初は反発しながらも、少しずつ惹かれ合っていく。