駿河湾の港町に住む札付き少年の神勝平は、ライバルの香月真吾との対決中、謎の巨大な怪物に襲われる。
それは、謎の宇宙人「ガイゾック」が放った殺戮ロボット兵器「メカ・ブースト」だった。
その襲撃の最中、勝平は家族たちが「宝探し」と称し、海底を探索していた真実を知る。
勝平たちはガイゾックに母星のビアルを滅ぼされ、地球へ移住したビアル星人の生き残りの子孫、神（じん）ファミリーだったのだ。
ついに地球までその魔の手を伸ばしてきたガイゾックに対し、神ファミリーは先祖が遺した3つの基地が1つに集結する宇宙船「キング・ビアル」と、それぞれの基地に積まれていた3つのメカが1つになって完成する巨大ロボット「ザンボット3」で立ち向かう。