人類が宇宙へと進出の場を伸ばし、その拠点として火星での開拓作業のために破嵐創造博士は、宇宙進出用サイボーグを生みだしていた。
しかし、その飽くなき実験と研究の為に博士は自らの妻と息子をもサイボーグにしてしまい、更に博士によってサイボーグとなった者達は次第に自分達が人類よりも優れていると思いこんで暴走し、自らを「メガノイド」と称し、全ての人類をメガノイドにしようと反乱を起こした。
破嵐博士の息子である破嵐万丈は、母と兄の計らいと犠牲によって巨大ロボット・ダイターン3と大量の金塊を奪取して地球へと脱出した。
そして万丈は金塊を元手にシン・ザ・シティに居を構え、執事ギャリソン時田とパートナーのビューティフル・タチバナと共に、更に元インターポールの三条レイカと、わんぱく少年トッポこと戸田突太も加え、メガノイドの人類支配阻止のため立ち上がる。