機械生命体が平和に暮らすポトリス・プラネットに突如、世界征服を目論むダーク軍とその総統・ダークポトリスが現れた。
ダークポトリスを倒すため、正義の戦士・ポトリスナイツたちはダーク軍の本拠地、バベルタワーへ潜入するが、そこは超時空破壊砲の発射台だった。
ダークポトリスがポトリスナイツたちを葬るべく超時空破壊砲のスイッチを入れた瞬間、天空からカプセルに入った少年、ユウマが落ちてくる。
ユウマはドラゴンブルーと融合し、特殊な能力を発揮できる突然変異体だった。