神話の世界において、一つの問題が起きていた。
それは「神々の中に、人間嫌いの問題児がいるらしい」ということ。
これを重く見たゼウスら神々の代表は人間を真似て「箱庭」と呼ばれる学校を作り、希薄がちだった「神と人間のつながり」をもう一度認識してもらうことにした。
学校には日本神話・ギリシア神話・北欧神話・エジプト神話に登場する神に交じって、ただ一人の人間の女の子が在籍していた。
彼女の名は草薙結衣。
ゼウスによって神々に「人間とは、そして愛とは」を教える目的で召還されたのであった。
ゼウスは神々の力を封じた上で「就学期間の1年以内に、神々が人間について理解することができなければ、結衣も含めて全員が箱庭に閉じ込められることになる」と言う。
こうして神様達と草薙結衣の新たな学園生活が始まった。