時は神世紀300年の四国。
結城友奈は讃州中学校に通う中学2年生。
自らが所属する部活の「勇者部」で、大親友の東郷美森、勇者部部長の犬吠埼風、風の妹の犬吠埼樹の4人で人々の役に立つため、さまざまな活動に励む毎日を送っていた。
しかしそんな平穏な日常は、端末から突如発せられたアラームとともに終わりを告げる。
神樹が作る結界「樹海」の中で、風から勇者部設立の真実と神樹に迫る危機を聞いた友奈たちは、神樹を、そして人類を守るため、神樹の勇者として未知なる敵バーテックスに立ち向かう。