主人公の春日珠紀は、両親の海外転勤を機に、祖母が住む母の実家に引っ越してきた。
だが、着いた村で珠紀は突如カミサマと呼ばれる奇妙な生き物達に襲われる。
珠紀を救ったのは、不思議な能力を操る鬼崎拓磨という少年だった。
祖母は彼女を村に呼んだ理由を打ち明ける。
それは、先祖代々続く「玉依姫」の使命として「鬼斬丸」という刀の封印をすることだった。
村に鬼斬丸の力を狙う謎の集団「ロゴス」が集まってくる中、玉依姫を守るべく「守護者」と呼ばれる少年達が現れる。
戸惑いつつも彼らに支えられ、珠紀は玉依姫としての使命に目覚めていく。