17歳の高校生・木島海平は亡き祖父木島綿平の遺言で聖ルミナス女学院の新理事長を引き受けることになった。
その頃学院では、メリナ・スカフィシがシャワー室から失踪するという事件が発生していた。
海平は友人の龍三、従妹の糊湖、その友人の良子らと共に学院中を探し回るが、そんな彼らを嘲笑うかの如く次々と学院内の少女達が消失する事件が発生する。
さらに海平の前に謎の少年と老婆（鈴吉萌絵）が現れ、海平に渡された祖父の遺品のポケットベルには謎めいた不可解なメッセージが送られる。
そして彼の与り知らない所で密かにある計画が進められていた。