サニーベルの街に住む幼い姉弟ユーリとケンは、お隣のローズおばあちゃんから借りた、魔法使いが活躍する童話絵本「マリーベルの絵本」が大好き。
町外れの丘の上で仲良く絵本を読み終えた後、両親の営む花屋に客が来ないことに心を痛めていた二人は「マリーベルがいてくれたらなあ…」とつぶやいた。
そんな時、まばゆい光と共に2人の足元に咲いた一輪の花の中から、マリーベルという名の不思議な少女が相棒の妖精タンバリンと共に現れる。
彼女は自らを「花魔法界からやってきた花の魔法使い」だと名乗り、たちまち二人の願いを魔法で叶えてしまう。
その後、マリーベルはサニーベルに住み着いてユーリたちや他の子供たち、町の住人らと徐々に仲良くなり、一人前の魔法使いになるべく花魔法の力で人々に様々な夢や希望を与えながら楽しく過ごしていく。