現代に住む少女の月島唯は、日本橋学園に通う高校2年生。
落語が好きで理想の男性は桂歌丸という江戸っ子娘。
そんな彼女がある日突然目の前に現れた宝珠によって幕末の江戸へと召喚されてしまう。
幕末当時、江戸や京では妖魔や妖怪が跋扈しており、邪なるものが世を支配せんと狙っていた。
そうした悪に対し天女たちや実在の人物たちが戦っていたのである。
そして、唯は宝珠の力によって天女として覚醒、言葉を武器として戦う「落語天女」になる。
やがて唯と同じく現代からやって来た飛鳥山雅、谷中妙、小石川鈴、千石涼、内藤晶の5人も天女として、唯とともに戦うのであった。