197X年…第63代北斗神拳伝承者・リュウケン（旧名・霞羅門）は、待望の男児を授かった。
リュウケンはこの男児に、兄と同じ「ケンシロウ」という名を付け、蒼天のように奔放で快活だった兄の話をいつか聞かせようと語りかけながら、過去に思いを馳せる。
時は遡り、1935年頃の日本。
女子大で教師をしていた、第62代北斗神拳伝承者・霞拳志郎を、李永健という老人がはるばる中国から訪ねてきた。
久々の再会を喜び合う2人だったが、李がやってきた目的は、拳志郎の朋友である潘光琳率いる「青幇」が壊滅したこと、そして拳志郎の恋人の玉玲が殺されてしまったことを伝えるためだった。
拳志郎が日本で平和に暮らしているのを知った李は、あえてそれを伝えずに去ることを決意するが、拳志郎との決着を望む拳士・金克栄との邂逅、そして李が今際の際に残した言葉によって拳志郎はその事実を知る。
朋友のために魔都・上海に戻った拳志郎は、北斗孫家拳・曹家拳・劉家拳の拳士を初めとする数々の強敵と出会いながら、北斗の宿命に突き動かされていく。