太平洋に浮かぶ孤島・竜宮島。
ある夏の日、好奇心に駆られた少年たちはラジオから流れ出す未知なる者の声を聞く。
「あなたはそこにいますか…」それから数年後の西暦2146年、竜宮島に再びその声がこだまする。
それこそ正しく未知の生命体“フェストゥム”による侵攻の合図だった。
突如飛来した金色に輝く美しき“敵”は平和な島を一瞬にして地獄へと変える。
島の大人たちはフェストゥムに対抗すべく組織された“アルヴィス”の人間だった。
彼らにより、島は武装した要塞へと姿を変え、死力を尽くした抵抗が始まる。
搭乗予定者・蔵前果林の死により窮地に立たされたアルヴィス司令・皆城公蔵は最適格者である真壁一騎の実戦投入を決断する。
幼馴染みの皆城総士に促されるまま、一騎は人型決戦兵器・“ファフナー”に搭乗し、総士も戦闘指揮システムジークフリード・システムを起動する。
何の疑いもなく信じていた世界は偽りだった。
仰ぎ見ていた美しい空も偽りだった。
祖国日本は既になく、人類はフェストゥムの侵略で全滅の危機に瀕していた。
一騎は尋ねる。
「俺たちはどこへ行くんだ?」。
総士は答える。
「楽園だよ」。
こうして少年たちは、人類の存亡をかけた激しい戦いの渦に巻き込まれていくのだった…。