西暦1999年、突如宇宙より飛来し太平洋上の南アタリア島に墜落した巨大物体は、全長1,200m超もの宇宙戦艦だった。
これにより異星人の実在と彼らの間の戦争の存在を知った人類社会は、宇宙からの脅威に対処すべく地球統合政府を樹立。
世界規模の紛争（統合戦争）を経て、墜落艦を改修し「マクロス」と命名する。