1999年、東京に4つの隕石が落下し、首都は壊滅した。
31年後の2030年、東京湾上に建設された新都市「メガロシティ」に突如、妖魔と名乗る異次元からの侵略者が来襲した。
彼らの目的は妖魔石による魔法陣を完成し、妖魔王を復活させて世界を征服することにあった。
人類は滅びるしかないと誰もが思ったそのとき、バトルスーツ「バルテクター」を身に着けた若者たちが立ち上がり、妖魔の軍団＝犯罪結社GILに戦いを挑んだ。
彼らこそ、「ボーグマン」と呼ばれるサイボーグ戦士であった。