アメストリス国の片田舎リゼンブールに生まれ育ち、高名な錬金術師ヴァン・ホーエンハイムを父親に持つ兄のエドワード（エド）と弟のアルフォンス（アル）のエルリック兄弟は長じるに従い錬金術師としての才能を開花させていく。
だが、父の失踪後は女手一つで兄弟を育ててきた最愛の母親トリシャは病に倒れて帰らぬ人となった。
兄弟は旅行でリゼンブールを訪れていたイズミ・カーティスが錬金術で水害から人々を救う姿に惹かれ、彼女に弟子入りを懇願する。
厳しい試験と合格後の過酷な訓練で実力を磨き上げる。
だが、それには重大な目的が隠されていた。