考古学者の司馬遷次郎は古代日本を支配した邪悪な国家「邪魔大王国（じゃまだいおうこく）」と「女王ヒミカ」の復活を察知したが、王国の放った「ハニワ幻人（げんじん）」の襲撃を受ける。
優秀な科学者でもある彼は、死の間際、コンピュータに自身の意識と記憶を移し替える。
一方、カーレースで大事故を起こしながら無傷であった息子の宙は、既にサイボーグへと改造されていたことを父に告げられる。
宙が頭部に変身する巨大ロボット「鋼鉄ジーグ」は、日本の支配をもくろむ邪魔大王国に立ち向かう。