ヒカリアン・ブラッチャー両軍が地球を去って数年。
ブラッチャーの襲撃がもはや無いことと判断され、JHRも閉鎖されることとなった。
そんな折、ブラッチャーが再び地球に襲来。
今度の彼らの狙いは人間を不幸にすることで、地球人をヒカリアンの先祖である「前向きで強い心を持つ人間」から自分達ブラッチャーの先祖である「不満ばかりで弱い心を持つ人間」にすることだった。
ブラッチャーたちはさっそく地球人の小学生、聖橋ケンタを言いくるめて悪事に協力させるが、そんな中、ケンタは誤って500系新幹線に轢かれそうになる。
その時、宇宙から光エネルギーが飛来、間一髪500系と合体して、ヒカリアン・ライトニング ウエストに変形。
ヒカリアンとブラッチャーの新たな戦いが始まった。