「闇の書事件」（第2期『A's』）から10年後の新暦0075年。
19歳になった高町なのは、フェイト・T・ハラオウン、八神はやての3人は、育まれた絆を胸に、それぞれの夢を追うべく時空管理局に所属。
一流の魔導師として活躍していた。
そんな中で新たに発見されたロストロギア「レリック」とそれを狙う謎の機械兵器「ガジェットドローン」の出現。
「レリック事件」と呼ばれるそれらの状況に対応するため、はやては迅速に対応できる部隊が必要だと思い、ロストロギア関連の任務を扱うための部隊設立に動き、それが「機動六課」として結実する。
一方、遡ること4年前。
スバル・ナカジマは空港火災に巻き込まれた際、なのはによって命を救われる。
自身の理想を体現したかのような彼女に憧れたスバルは、満天の星の下、管理局の魔導師になることを決意する。