1993年、東京タワーでの社会見学中、中学2年生の3人の少女獅堂光、龍咲海、鳳凰寺風は偶然出会った。
窓の外、眩い光の中に浮かび上がる謎の少女の幻影を見た3人は、その直後異世界「セフィーロ」に召喚される。
そこで出会った導師クレフの導きを受けて、3人は魔法騎士（マジックナイト）としてセフィーロを救う旅に出ることに。