創立60年の伝統を誇る私立誠教学園は、市街地を見下ろすように小高い丘の上に建てられている。
長い歴史の間に増改築を繰り返した校舎は迷路の如き様相を呈しており、そんな中で「旧校舎の幽霊」の話をはじめさまざまな怪談や都市伝説が生徒の間で語り継がれてきた。
1年生の新谷貞一はある日、旧校舎に迷い込んだ際に不思議な女子生徒に出会う。
彼女は自分こそが「旧校舎の幽霊」こと庚夕子であると名乗り、自分の死の真相を解明するために貞一に協力して欲しいと申し出る。
夕子に引っ張られるように行動を共にするようになった貞一は、「旧校舎の大鏡」の向こうに隠されていた地下室で白骨化した夕子の死体を発見する。
しかし、夕子は自分の死体を前にしても死因を思い出せず、真相解明は振り出しへ戻ることになる。
貞一は夕子の死因解明を兼ねて学園内で起きるさまざまな怪奇現象を解き明かすため、怪異調査部を設立した。