如月ハニーは、聖チャペル学園に通う女子高生。
寮生が帰宅を許される月に一度のその日、16歳の誕生日を迎えたハニーは父・如月猛との久しぶりの再会を楽しみにしながら自宅へ向かっていた。
ところがそこへ覆面の男達と謎の女怪人が現れ、ハニーの父を目の前で攫い、ハニーの家は放火され焼け落ちてしまう。
悲しみにくれるハニーの前に、突然白百合を携えた謎の男性が現れ、父からの誕生日プレゼントだというチョーカーと指輪を手渡した。
そのチョーカーの力で多彩な変身能力と、戦士「キューティーハニー」に変身する力を得たハニーは、父を取り戻すために父を攫った組織・豹の爪（パンサークロー）との戦いに挑む。