宇宙世紀0088年、グリプス戦役で地球連邦軍が創設したエリート部隊「ティターンズ」は事実上壊滅した。
しかし、エゥーゴも大半のパイロットが戦死し、有力な指揮官のクワトロ・バジーナ大尉は行方不明となり、エースパイロットのカミーユ・ビダンも精神崩壊を起こしてしまい、戦力不足に悩まされていた。
そんな中、三つ巴の決戦から一時手を引き、高みの見物をしていたハマーン・カーン率いるジオン公国残党組織アクシズはネオ・ジオンと名を変え、地球圏の制覇に乗り出す。