世界を闇に染めようとする悪の勢力・ドツクゾーンは、7つのプリズムストーンを奪うため「光の園」を侵略していた。
5つものプリズムストーンが奪われるも、光の園の妖精・メップルとミップルは2つのプリズムストーンを携え「虹の園」（地球）に逃げ込むことに成功。
その妖精達を偶然発見したベローネ学院女子中等部の2年生・美墨なぎさと雪城ほのかは、妖精を追いかけてきたドツクゾーンの怪物ザケンナーに突然襲われてしまう。
なぎさとほのかは危機に陥る中、妖精達により伝説の戦士プリキュアへ変身する力を与えられ、それぞれキュアブラックとキュアホワイトに変身してザケンナーと戦うことに。
こうして性格も得意分野も全く異なる2人がプリキュアとしてコンビを組み、ドツクゾーンからプリズムストーンを奪還する戦いに挑むこととなる。