子供会のサマーキャンプに来ていた小学生の八神太一、武之内空、石田ヤマト、泉光子郎、太刀川ミミ、城戸丈、高石タケルの7人は突然の吹雪を他の子供達から離れて、山にあった祠に隠れてやり過ごしていた。
しかし、その祠の外に出た直後、日本で発生するはずのないオーロラを目撃、さらに謎の機械が降り注いだ。
さらに7人の子供達はその機械の謎の力で発生した大瀑布に吸い込まれ、気がつくと未知の場所にたどり着き、そこで自分達を待っていたと言う「デジタルモンスター」と名乗る謎の生物達と出会う。
そして子供達とパートナーデジモン達の、長くて短いひと夏の冒険が始まった。