ある日、中学1年生の少年・工藤タイキは謎の声の問いかけに答え、デジモンクロスローダーを手に入れ、「ジェネラル」に選ばれた。
そのままデジタルワールドに呼び込まれたタイキはそこで出会ったシャウトモンや仲間たちと共にデジタルワールドの危機に立ち向かう。